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https://www.innovacioneducativa.unam.mx:8443/jspui/handle/123456789/7291| Título : | Talleres Especializados de Bioinformática |
| Autor : | VARELA ECHAVARRIA, ALFREDO |
| Fecha de publicación : | 2019 |
| Resumen : | El reto con el que los científicos se encuentran en nuestros días es que la mayoría de las preguntas en Genómica requieren de un enfoque de biología de sistemas para entender procesos complejos que ocurren en las células, en individuos y en poblaciones. Actualmente, los investigadores necesitan analizar grandes cantidades de datos, para lo cual se requieren habilidades de matemáticas y computación. Los Talleres Especializados en Bioinformática nacen para cubrir esas necesidades. Los talleres tendrán como objetivo la formación de recursos humanos que ya cuentan con bases en Bioinformática, pero que sin embargo, requieren de conocimientos avanzados en cierta área para el desarrollo de su trabajo de investigación. Durante estos talleres los estudiantes aprenderán: métodos avanzados para el análisis de datos masivos de secuenciación, nuevos métodos en tecnologías genómicas, así como los últimos descubrimientos y herramientas para el estudio de la transcriptómica y la epigenómica. Los cursos serán impartidas por expertos en el área y consistirán de clases teóricas y prácticas, estas se realizarán mediante ejercicios en computadora. La filosofía de estos talleres será "aprender haciendo", lo que significa que los estudiantes irán adquiriendo habilidades computacionales en los temas especializados conforme vayan realizando los ejercicios siguiendo ejemplos y usando datos reales de los temas abordados. Los talleres serán dirigidos a estudiantes de licenciatura y posgrado de las área de matemáticas, ciencias de la computación, informática, tecnología, biología, medicina, química, ciencias de la tierra y areas afines. Los talleres están planeados para una duración promedio de cuatro días. El objetivo será ofrecer dos talleres por año, uno por cada semestre. |
| URI : | http://132.248.161.133:8080/jspui/handle/123456789/7291 |
| metadata.dc.contributor.responsible: | VARELA ECHAVARRIA, ALFREDO |
| metadata.dc.coverage.temporal: | 2019-2021 |
| metadata.dc.description.objective: | El objetivo de estos talleres es proporcionar a los estudiantes conocimientos y habilidades para llevar a cabo análisis matemáticos y computacionales en temas avanzados de bioinformática enfocados a resolver problemas de investigación relacionados con Genómica. |
| metadata.dc.description.hypothesis: | A pesar de que en el mundo moderno se observa que los jóvenes están bastante acostumbrados con el uso de las tecnología de la información, muchas veces nos hemos dado cuenta que los estudiantes no tienen las herramientas computacionales necesarias para analizar profesionalmente datos cientificos. Alumnos de diferentes carreras han expresado repetidamente su deseo de métodos modernos y actuales de computación para el estudio de datos y sistemas biológicos, en particular a nivel genómico, para el mejor desarrollo y avance de sus proyectos. Con los Talleres Especializados en Bioinformática proporcionaremos a estudiantes de todas las áreas en ciencias las herramientas especializadas necesarias para llevar a cabo investigación y desarrollar aplicaciones en Bioinformática. Esperamos que con estos talleres los estudiantes amplíen su visión científica y su desempeño en cada uno de sus programas de estudio. |
| metadata.dc.description.strategies: | Durante el año 2019, se llevarán a cabo los siguientes talleres: Primer Semestre Taller: "New Methods in Genomic Thecnologies" Instructor: Dr. Ishaan Gupta (junto con uno de sus estudiantes de doctorado) Institución: Neuroscience Brain and Mind Research Institute, Weill Cornell Medical College, New York, USA Duración: 40 horas Segundo Semestre Taller: "Advanced Next Generation Sequencing Methods" Instructor: Dr. Steve Hoffmann (y uno de sus posdoctorantes) Institución: Leibniz Institute for Aging, Jena, Alemania Duración: 40 horas Durante el año 2020, se llevarán a cabo los siguientes talleres: Primer Semestre Taller: "New Methods in Genomic Thecnologies" Instructor: Dr. Ishaan Gupta (junto con uno de sus estudiantes de doctorado) Institución: Neuroscience Brain and Mind Research Institute, Weill Cornell Medical College, New York, USA Duración: 40 horas Segundo Semestre: Taller: "Métodos en Genómica Comparativa" Instructora: Dra. Maribel Hernández Rosales ( y un estudiante de doctorado) Institución: Conacyt - Instituto de Matemáticas, UNAM Juriquilla Duración: 40 horas Se brindará a todos los participantes material tanto digital como impreso para facilitar la toma de notas. Se asignará un servidor con suficiente espacio para el almacenamiento de datos de todos los participantes y con la memoria suficiente para llevar a cabo procesamiento de todos los estudiantes al mismo tiempo. Se contará con una red inalámbrica con la rapidez necesaria para el buen funcionamiento del taller. Todas las herramientas computacionales requeridas para el éxito de los talleres, serán instaladas antes del inicio de cada taller, para realizar pruebas y asegurar el buen desempeño de cada uno de los participantes. Finalmente, si el estudiante cumplió con todas las horas del taller, se le entregará un certificado con valor curricular. |
| metadata.dc.description.selfAssessment: | Los Talleres de Bioinformática tuvieron un muy buen recibimiento en la comunidad estudiantil y académica pues se recibieron más de 300 solicitudes de estudiantes de diversos estados del país y de diversos países interesados en participar. También recibimos solicitudes de estudiantes interesados en fungir como asistentes de los cuales se seleccionaron alrededor de 40 de México, Alemania, India y Chile. Algunos de ellos son parte de algún grupo de investigación de los instructores participantes o ya habían participado en alguna de las escuelas o talleres de Bioinformática previos y todos contaban ya con experiencia previa en el área. Algunos participaron en ambos talleres. La duración de cada taller fue de cinco días de trabajo intensivo, periodo en el cual se impartieron 23 charlas cortas por investigadores que fungieron también como instructores en proyectos de investigación que se desarrollaron por los estudiantes participantes a lo largo de cada semana. Además se impartieron siete cursos intensivos por especialistas en genómica comparativa y en el análisis de redes en diversos sistemas biológicos. Durante los últimos cuatro días de cada taller, los estudiantes formaron equipos de 2-4 integrantes con estudiantes tanto de áreas biológicas, como de ciencias exactas, logrando una composición multidisciplinaria para el trabajo en los proyectos citados. Durante todos los cursos y proyectos, estudiantes y colegas con conocimientos amplios de bioinformática fungieron como asistentes y apoyaron a los instructores para resolver las dudas de los participantes y como guías durante el desarrollo de sus proyectos finales. Esta fue la primera ocasión en la que además de un taller presencial, llevamos a cabo uno completamente de manera remota via Zoom. Esto representó un gran reto de planeación, organización y para mantener la dinámica de trabajo en este medio. A pesar de las dificultades que eso representó, el uso de esta modalidad permitió conjuntar a ponentes, asistentes y estudiantes de México, Canadá, Sudáfrica, India, Estados Unidos, Alemania, Inglaterra, Ecuador, Perú, Portugal y Chile y de un gran número de entidades federativas de México (Anexo 1). Por lo anterior, podemos asegurar que se lograron todas las metas planteadas originalmente para este proyecto y que identificamos la necesidad de seguir impartiendo escuelas como las descritas, talleres o cursos en temas de boinformática. Estos talleres pudieron llevarse a cabo gracias al apoyo complementario del Instituto de Matemáticas y del Instituto de Neurobiología de la UNAM, de la Red Mexicana de Bioinformática y de la RiaBio (IberoAmerican Network on Artificial Intelligence for Big BioData). |
| metadata.dc.description.goalsAchieved: | El desarrollo de las actividades del proyecto fue exitoso y agradecemos el apoyo de la DGAPA para la realización de los talleres avanzados en bioinformática. Estos talleres teórico-prácticos tienen el propósito de impulsar esta rama de intersección que resulta del uso de enfoques de las matemáticas aplicadas y las ciencias computacionales al estudio de problemas biológicos complejos. De los seis talleres propuestos originalmente para un periodo de tres años, sólo se llevaron a cabo dos pues se nos otorgó menos del 50% del presupuesto anual solicitado y el proyecto se redujo a sólo dos años. Llevamos a cabo dos Talleres de Bionformática Avanzada como una colaboración del Instituto de Neurobiología, UNAM con el Instituto de Matemáticas, UNAM y el CINVESTAV-Irapuato. Las personas responsables de la organización fueron: Dra. Maribel Hernández Rosales, Instituto de Matemáticas, actualmente en el Cinvestav-Irapuato, RMB, RiaBio Dr. Michael C. Jeziorski, Instituto de Neurobiología, UNAM Dr. Alfredo Varela Echavarría, Instituto de Neurobiología, UNAM El primer taller se llevó a cabo de manera presencial en instalaciones del Instituto de Matemáticas y el Instituto de Neurobiología en el Campus Juriquilla de la UNAM. El segundo se llevó a cabo totalmente por videoconferencia en respuesta a las dificultades creadas por la pandemia de COVID-19. Para estos eventos contamos con la participación de estudiantes de licenciatura y posgrado de diferentes áreas de las ciencias exactas y las ciencias biológicas. Como resultado de la selección de acuerdo a su experiencia, se aceptaron en total para los dos talleres a 70 estudiantes de diferentes regiones del país y de diferentes países. De ellos, 15 fueron de licenciatura, 19 de maestría, 24 de doctorado y 12 que estaban buscando su ingreso a programas de posgrado, trabajaban como académicos o en empresas privadas. Los estudiantes de licenciatura provinieron de carreras en los ámbitos de la biología, medicina, ecología, biotecnología, software, cómputo, física, matemáticas, administración de instalaciones médicas, ciencias genómicas y ciencias biomédicas, de la UNAM y de otras universidades mexicanas y de otros países. La información acerca de los talleres, los programas y las listas de ponentes pueden encontrarse en la página de internet: https://lavis.unam.mx/bioinformatics. Dado que se usó la misma dirección URL para el segundo taller, la información del primero se puede visualizar en el apartado: "Previous events". Con estos talleres logramos que los participantes adquirieran conocimientos y habilidades para llevar a cabo estudios de problemas biológicos con herramientas y métodos tanto matemáticos como computacionales, con énfasis en el uso de redes en sistemas biológicos y en investigación genómica. |
| metadata.dcterms.provenance: | I. de Neurobiología en Qro. |
| metadata.dc.subject.DGAPA: | Biotecnología y genómica |
| metadata.dc.type: | Proyecto PAPIME |
| Aparece en las colecciones: | 2. Área de las Ciencias Biológicas, Químicas y de la Salud |
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